8月9日，新疆本科三批次院校投档分数线公布，该批次汉语言文理科41所院校最低投档分超二本，其中文科16所、理科25所。
目前，新疆共有5所民办本科高校，分别是：新疆大学科学技术学院、新疆农业大学科学技术学院、新疆医科大学厚博学院、新疆财经大学商务学院和石河子大学科技学院。
2016年疆内三本院校文史类参与三本录取的5所三本院校最低投档线均超过372分这个自治区三本最低投档分，而新疆财经大学商务学院最高投档线分达445分，新疆大学科学技术学院最高投档线分433分。理工类参与三本录取的5所三本院校最低投档线均超过363分这个自治区三本最低投档分，而新疆医科大学厚博学院最高投档线分达465分，新疆财经大学商务学院最高投档线分441分。
本科三批次院校相对于一本、二本院校来说，三本院校分别由独立院校和民办高校组成。在招生方面，除收费标准与公办院校不同外，其他的都与公办院校相同，如学生在校待遇、毕业生就业政策等，毕业后颁发的毕业证书国家同样认可。
随着办学成本的逐年提高和物价的上涨，民办高校面临着较大的办学压力。相比公办高校，民办学校没有生均财政拨款，还须自行承担教师工资、校园水电等教育教学运转开支,所以收费较高。但不少办学质量过硬的三批次院校，生源依旧很好，不少高校都是一志愿全部录满，且分数线居高不下。
