国家“三大奖”即国家自然科学奖、国家技术发明奖、国家科学技术进步奖，是我国科技成果领域的最高奖项，也是对科技工作者科研水平和成果的最权威认定。奖项由国务院设立，每年合计评选数目不超过300项，竞争相当激烈。因此，“三大奖”的获奖情况也是衡量高校科研水平、创新能力及其对国家和社会贡献的重要指标。
据高绩（ID：gaojidata）统计，在国家“三大奖”通用项目中，共81所高校作为第一完成单位获奖157项。从获奖总数来看，北京大学和浙江大学以12项的获奖总数并列第一；上海交通大学紧随其后，获奖10项；哈尔滨工业大学获奖6项；北京航空航天大学、同济大学和清华大学分别获奖5项。
国家自然科学奖通用项目中，北京大学和南昌大学各斩获1项一等奖。自1999年《国家科学技术奖励条例》施行后，本次国家科技奖首次评选出3项自然科学奖一等奖。
国家技术发明奖通用项目中，西北工业大学1项成果获一等奖。
国家科技进步奖通用项目中，北京航空航天大学、同济大学、宁波大学、江西农业大学、中国地质大学（北京）各斩获1项一等奖。
2025年度国家科技奖中有19所非“双一流”高校获奖，深圳大学（3项）和浙江工业大学（3项）获奖总数最多，首都医科大学（2项）紧随其后。多所高校取得突破，江西农业大学斩获国家科技进步奖一等奖；昆明理工大学、燕山大学分别获得了国家自然科学奖二等奖。
值得注意的是，据多所高校官方报道，学校专用项目获得2025年度国家科学技术奖。哈尔滨工业大学牵头的3个专用项目获奖，其中1项获国家技术发明奖二等奖，2项获国家科技进步奖二等奖；哈尔滨工程大学牵头的2个专用项目分别获国家技术发明奖一等奖和二等奖；东南大学牵头的2个专用项目分别获国家科技进步奖二等奖；北京航空航天大学和南京航空航天大学各牵头1个专用项目获国家技术发明奖二等奖；西北工业大学牵头的1个专用项目获国家科技进步奖二等奖等。
哈尔滨工程大学在船海领域成果显著，学校首获国家技术发明奖一等奖，船海领域斩获三项国家奖。学校水声学院杨德森院士团队荣获国家技术发明一等奖，殷敬伟教授团队荣获国家技术发明二等奖，实现同一学院一届两项国家奖突破。
国家“三大奖”通用项目高校获奖统计如下：
