2023年9月，教育部发布《关于开展第二批国家卓越工程师学院建设工作的通知》，决定支持部分高校与企业共建第二批国家卓越工程师学院。
| 批次 | 序号 | 名称 |
| 第二批 | 1 | 北京科技大学 |
| 第二批 | 2 | 北京邮电大学 |
| 第二批 | 3 | 天津大学 |
| 第二批 | 4 | 大连理工大学 |
| 第二批 | 5 | 哈尔滨工程大学 |
| 第二批 | 6 | 同济大学 |
| 第二批 | 7 | 南京航空航天大学 |
| 第二批 | 8 | 南京理工大学 |
| 第二批 | 9 | 华南理工大学 |
| 第二批 | 10 | 电子科技大学 |
| 第二批 | 11 | 西安交通大学 |
| 第二批 | 12 | 西安电子科技大学 |
| 第二批 | 13 | 中国石油大学（北京） |
| 第二批 | 14 | 南方科技大学 |
