2021年2月1日，由台湾阳明大学和台湾交通大学合并而成的台湾“国立”阳明交通大学正式挂牌成立。新校首任校长林奇宏分别出席台北阳明校区与新竹光复校区的揭牌仪式。
近日，台湾阳明大学、交通大学卸下“‘国立’交通大学”、“‘国立’阳明大学”校名牌，并于昨日装上“‘国立’阳明交通大学“的新校名牌，并在今日揭牌，象征两校完成历史性的合校里程碑。
阳明和交大均为顶尖的研究型大学，两校各自发展的重点互补性高，阳明作为医学教育改革的先驱者，扎实培育新世代医牙药护、生命科学、生医工程、医学人文等专业与尖端研究领域之优秀人才，在高龄长照、肿瘤、脑科学、医学工程等已有深厚基础；而交大在电子、资通讯与管理、科学与工程等领域为领导者，在二十年前即确立发展生医领域之目标，包含生医资讯、生医材料、生医电子、生医科学等，期能横跨电资通讯与生医，开拓生医科技产业之先驱。
合校目的：
引领高教改革：启动合校之程序来积极引领高等教育之改革，满足社会需求，追求真理、创新人才培育，最终打造成一所无与伦比(Second to none)、师生共治的伟大大学。 符合社会需求：生医、人工智慧、机器人、智慧医疗、大数据等新兴领域正在如火如荼的开展，不仅是全球竞争力的主场，也必重塑科技的新貌。 善尽大学社会责任：阳明及交大的合校，完成跨领域(尤其是BioICT 和Digital Bio-Medicine 两大领域) 教研的重大任务，以育成优秀人才来积极并有效的加入产业4.0之智能生医科技的革命。 重塑新校之学术组织：跨领域整合现有学术单位：两校绝大多数系所专业未重叠，优势强项及学科领域互补性极高，有利于跨领域整合。将采取由下而上机制，开启师生对话空间，形成和谐运作，重塑新校学术组织。
合校愿景：成为勇于创新的伟大大学
成为对等合校，双存续之典范。 十年内成为亚洲“数位生医”先驱，二十年后成为世界“智慧健康”新创基地。 培育全球顶尖大学师资，至少一位诺贝尔奖得主。 培育数家独角兽级电子生医新创产业。
合并后的阳明交大包含19学院，共1400位教师、17000名学生，共有9校区，分布于5县市。
阳明大学及交通大学商议合并前溯自2001年3月，为迎接二十一世纪生物科技时代之来临，两校签署合并意愿书，拟推动合并为“国立阳明交通大学”（简称阳明交大），其后交大于2015年12月16日104学年度第2次校务会议再次确认通过与阳明合并，即交大一本初衷，与阳明合并之意愿始终如一。
而历经时间与人事更迭，阳明于2018年9月26日临时校务会议通过“启动合并”后，复于2018年12月26日校务会议决议确定合并优先议约对象为交大，爰此一高等教育界合并盛事于焉展开作业。
阳明于2018年9月26日临时校务会议通过“启动合并”后，交大为争取与阳明合并，由各学院及行政单位与阳明对等单位密集互访达20余场次，并将参访之意见反馈、阳明对合并之期待事项及合并优势与预期可达成之效益，撰述为交大单方合并意向书，经2018年11月28日107学年度第2次临时校务会议通过后以函文致送阳明，并许诺阳明依单方合并意向书内容据以纳入为两校后续讨论双方合并意向书内容。
阳明于2018年12月26日校务会议决议确定合并优先议约对象为交大，两校遂以交大送予阳明之单方合并意向书所述程序及内容为基础，展开合并作业。旋经于2019年1月两校校务会议通过《国立阳明大学与国立交通大学合校工作委员会设置办法》，依该办法组成合校工作委员会及学术、研究及行政事务规划小组。2019年3月，出台了合校意向书。
2019年9月18日，阳明与交大分别召开了校务会议，对合并计划进行讨论，计划合并成为新的“国立阳明交通大学”。在本次两校校务会议中，阳明大学的87名代表中，65人表示同意，20人表示反对，2人弃权，超过三分之二的同意人数，通过了合并计划书；交通大学的74名校务代表中，59人表示同意，15人表示反对，也超过了三分二的同意人数，通过了合并计划书。预计2020年8月1日，合并后的阳明交通大学将正式挂牌成立。
阳明大学校长郭旭崧在接受岛内媒体采访时强调，阳明与交大合校不同于其他大学合校，两校在各自的专业领域独领风骚，因此合校是在对等的情况下进行，“这是强强结合，两所学校都没有消灭，是历史性的对等合校案”。
阳明大学与交通大学2月1日合校，由两校前任校长郭旭崧（左）与陈信宏（右）进行历史性首次对谈。（阳明大学提供）
后几经修改合并计划书，两校于2020年4月20日函报台湾教育主管部门修正合并计划书及“国立阳明交通大学暂行组织规程”（含组织系统表）草案。因核定时程未能预知，故经2020年5月22日合校工作委员会第17次会议决议修正合并目标日为2021年2月1日。
2020年6月24日，台湾教育主管部门同意两校合并案并函送台湾行政主管部门核定。
2020年7月，台媒报道，阳明大学校友总会针对是否支持“阳交并”对阳明全球校友进行网络问卷调查，结果有高达四成九的校友明确反对并校，几乎是赞成并校校友的两倍。
2020年7月30日，台湾行政主管部门同意阳明与交大合并案。
2020年8月12日，台湾教育主管部门函复两校于2021年2月1日起合并为“国立阳明交通大学”。
阳明支持学生参与公共事务，以理性方式表达意见。学生会于2020年9月21日至25日举办合校公投，针对全校学生以“您是否同意依据本校合校专区网站内容及(行政、教育主管部门)审核之结果，与国立交通大学进行最终合校程序？”为题进行投票。最终，在选举名册4822名学生中，投票结果为：641票同意、400票不同意、47票无效票。
2020年10月5日至11月5日，为办理首任校长遴选，台湾教育主管部门成立了校长遴选小组，并公开征求校长候选人。同时在两校也将各举行一场座谈会，听取校内师生对学校未来发展及理想校长候选人之意见。两校学生会也通过网络平台广纳校内同学想法。这些建议也在座谈会前夕，公布于“给遴选委员之公开信”中，以完整表达校内同学的意见。
依照遴选程序，经遴选小组进行资格审查后，预计于11月底公告第一阶段校长候选人，并办理治校理念说明会；然后在12月，由两校专任教职人员分别对第一阶段校长候选人进行投票，通过同意权门槛者将成为第二阶段候选人；最后，再次进行治校理念说明会及询答后，由21位遴选小组委员选出首任校长，预计于1月中旬完成作业。校长候选人名册与治校说明简报，都将公告于“国立阳明交通大学首任校长遴选专区”。
2020年12月15日，“国立阳明交通大学”首任校长候选人治校理念说明会首先在阳明登场。三位候选人：交大资讯工程学系林一平终身讲座教授、交大台湾联合大学系统林奇宏副校长、台北医学大学资讯研究所李友专特聘教授，依序阐述各自的治校方针与合校愿景，并接受师生、校友提问。说明会历时共三个多小时。
2021年1月10日，“国立阳明交通大学”首任校长遴选小组召开第3次会议，邀请3位第二阶段校长候选人进行治校理念说明及询答后，由委员审酌校长候选人各方面条件，并参酌校务发展需要，选定林奇宏教授为首任校长，后续将依台湾教育主管部门公立大学校长遴选小组设置及作业要点规定，送请台湾教育主管部门核定后聘任。
2021年1月21日，合校倒数10天，两校正式接通各校区电话分机。21日上午九时，由阳明校长郭旭嵩与交大校长陈信宏进行历史性首次对谈，象征两校合校迈向新的里程碑。1月25日，两校电子邮件与网路系统完成整合，替正式合校预作准备。
2021年2月1日，国立阳明交通大学正式揭牌。
首任校长林奇宏教授
林奇宏此前担任台湾联合大学系统副校长，其具有耶鲁大学生物系博士学历，曾历任新北市政府卫生局长、台北市政府卫生局长、阳明大学国际事务处国际事务长、微生物及免疫学研究所长等职。
