已有73所教育部直属高校已公布2025年度部门决算。截至发文，湖南大学、国际关系学院暂未查询到数据。
根据73所教育部直属高校部门决算数据，2025年度总经费超过100亿元的共有23所。清华大学、浙江大学、上海交通大学2025年度决算总经费突破300亿，位居全国前三；北京大学、复旦大学、中山大学2025年度决算总经费突破200亿。
西安交通大学、东南大学、山东大学、华中科技大学、武汉大学、四川大学、同济大学、厦门大学、南京大学、吉林大学、北京科技大学、华南理工大学、中南大学、北京师范大学、天津大学、大连理工大学、中国农业大学、重庆大学，共18所高校决算总经费在100-200亿之间。
在50-100亿元之间的共有26所，在10-50亿元之间的共有22所，小于10亿元的有2所。
教育部直属高校2025年度部门决算汇总如下：
