自2019年教育部启动一流本科专业“双万计划”以来，福建医科大学共13个专业入选省级一流本科专业建设点，其中国家级同时也是省级（黑体字部分为本次获批专业）。
省级：应用心理学、生物制药、基础医学、临床医学、护理学、口腔医学、药学、预防医学、公共事业管理、麻醉学、临床药学、医学检验技术、康复治疗学；
国家级：麻醉学、预防医学、临床药学、医学检验技术、康复治疗学、临床医学、护理学、口腔医学、药学。
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