各省、自治区、直辖市代表队的选拔应该坚持公平、公正的原则。选拔工作应在本省（级）化学会领导下进行，选拔的办法、要求、程序等内容应该公开。参加省队选拔的学生必须是获得当届中国化学奥林匹克初赛一等奖的学生。
三种选拔办法如下：
第一种，通过追加理论考试和化学实验考试或者只追加实验考试进行二次遴选，决定省代表队组成。初赛成绩占40%，本省选拔期间追加的理论考试成绩占30%，实验考试成绩占30%。只追加实验考试的，初赛成绩占60%，实验考试成绩占40%。
第二种，采取只追加理论考试进行选拔的，按综合成绩依次由高到低获得参加决赛资格。综合成绩为，初赛成绩不少于60%，本省选拔期间追加的理论考试成绩不高于40%。
第三种，按照学生的初赛成绩依次由高至低获得参加决赛资格。若有学生放弃，必须依次递补，不受其他因素干扰和影响。
上述3种选拔方式，各省可以根据本省情况自行决定选择三种办法之一进行选拔，选择后的选拔办法报中国化学会竞赛委员会备案，不得更改，并严格执行。如需调整，应在下一届初赛之前提出调整。
2026年各省、自治区、直辖市选择的省队队员选拔方式见下方列表。其中有个别的省，调整了省队队员选拔办法；部分省又重新报备了选拔办法；未进行调整和重新报备的省、自治区、直辖市仍执行以往报备的选拔办法。
