香港科技大学（广州）本科培养采取书院制。书院制是世界一流大学，如牛津、剑桥、哈佛、耶鲁等，普遍采用的本科生培养模式。书院是一个生活、学习和学术的社区，不同专业背景的学生和老师均生活居住在书院，朝夕相处。书院采取导师制，书院导师包括学术导师、生活导师和社会导师；其中，学术导师来自于各个学域和专业背景，对学生提供学术启蒙和学术建议，并注重隐性知识的传授。
书院和学院（枢纽）相互配合协同，实现“教”和“育”的并重，推动学科的交叉融合和创新思维的培养。港科大（广州）的书院建筑将在校园二期建设完成。2023年的本科生将暂时住在校园的研究生宿舍，为单人间，多个单人间组成套间，共享客厅厨房。
